Séquençage (Peuplier)

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Sommaire

Nous avons produit 25 banques d'ADNc différentes et séquencé aléatoirement près de 50K clones d'épinettes et 14K de peuplier. Les séquences ont été analysés et distribuées publiquement. Une base de données de séquences a été développées et mise en place.

Consultez les objectifs de cette activité en cliquant ici.

La description des banques est présentement disponible en anglais seulement.

Banques d'ADNc de peuplier

# de banque	Nom (anglais)	Séquences de qualité *		Data release
# de banque	Nom (anglais)	Nbre	Long. moy.	Data release
GQ009	Secondary STEMS, plants with altered N status: N fertilization and girdling	1299	486	May 2004
GQ010	Primary STEMS, plants with altered N status: N fertilization and girdling	2611	659	May 2004
GQ011	LEAVES, plants with altered N status: N fertilization and girdling	688	355	May 2004
GQ012	SHOOT TIPS, plants with altered N status: N fertilization and girdling	1265	429	May 2004
GQ014	Infected LEAVES - 8-day Melampsora medusae infection ( B. Boyle)	1316	364	October 2004
GQ015	SHOOT TIPS AND SECONDARY STEMS - Diurnal sequence	1648	750	May 2004
GQ023	Infected LEAVES with M. medusae 1, 2, and 4 days (B. Boyle)	1368	541	October 2004
GQ024	XYLEM lignifed and unlignified, 2° developing PHLOEM - Mature trees	1396	520	May 2004
	TOTAL QUALITY READS - POPLAR	11591

* Les séquences de qualité contiennent 100 nucléotides ou plus, de qualité Phred 20 avec que le vecteur ait été enlevé..

Desciption complète des banques d'ADNc de peuplier

Résultat de séquençage (Peuplier)

Un total de 8 907 séquences d'EST avec un minimum de 100 paires de bases et rencontrant un standard de qualité de phred 20 ou plus ont été obtenues à partir des banques GQ009, GQ010, GQ011, GQ012, GQ015, GQ024

Les séquences, assemblages et rapports blast peuvent être consultés sur Biodata, site rendu disponible au Center for Computational Genomics and Bioinformatics :</>

http://www.ccgb.umn.edu/biodata/poplar/http://biodata.ccgb.umn.edu/poplar

Commande de clones d'ADNc

Vous pouvez commander des clones d'ADNc du projet.

Les demandes sont sans frais ou sur une base de recouvrement des coûts. Le coût varie selon le volume de la demande, selon le statut de l'institution (à but lucratif ou sans but lucratif) de même que selon le pays (Canada ou hors-Canada).

Pour plus d'information, cliquez ici : Commander des clones d'ADNc