Le séquençage à haut-débit de gènes exprimés (EST, Expressed Sequence Tags) réalisé par Arborea vise la découverte de séquences géniques associées à divers mécanismes biologiques, et l’obtention de clones d’ADN complémentaire pour la synthèse de biopuces, ainsi que pour accélérer l’étude fonctionnelle de gènes candidats, et développement méthodes de génotypage.  La collaboration avec d’autres équipes de recherché œuvrant dans ce domaine est un élément important de notre programme et a comme but de d’améliorer l’échantillonnage du transcriptome, de stimuler des études comparatives, et apporter de la valeur ajoutée à la communauté scientifique.

Phase 1 – Séquençage des EST chez l’épinette et le peuplier (2002-2006) 

Chez l’épinette blanche (Picea glauca)  nous avons analysés plus de  70,000 séquences (ESTs) par le séquencage en 3’ et 5’ à partir de 17 banques d’ADN complémentaire (ADNc). Nous avons par ailleurs reséquencé en 5’ une jeu de clones représentants des séquences uniques. L’analyse, l’annotation et nos bases de donées sont décrites dans l’article de Pavy et al. 2005 dans BMC Genomics. Nous avons aussi séquencé en 5’, plus de 14,000 ADNc de peuplier à partir de 7 banques. Le séquencage à haut-débit à été realise au Genome Sciences Center (Vancouver) par le Centre d’Innovation de Genome Québec et McGill (Montreal).

L’accès aux résultats des séquences et l’exploitation de l’information s’y rattachant se fait par les bases de données SpruceDB and ForestTreeDB, ainsi que via les pages web BioData, tous développés en partenariat par le Center for Computational Biology and Genomics (Univ. of Minnvesota).

LINK TO: Description détaillée de chaque banque d'ADNc : tissus et traitements, méthodes de construction des banques, nombre et direction des séquences.

Phase 2 –  vers un atlas des gènes exprimés chez l’épinette (2006-2010)

Nous prévoyons analyser 100,000 nouveaux clones d’ADNc chez l’épinette blanche (Picea glauca), par séquencage en 5’ et 3’ (150 K séquences au total). Les ADNc proviendront d’environ 15 banques préparées à partir de tissus relies à formation du bois et à la croissance apicale, qui ont été peu échantillonnés précédemment chez l’épinette.  Afin de compléter l’atlas des gènes exprimés efficacement, nous exploiterons plusieurs banques normalizées et banques représentants des tissues très ciblés et diversifies.  Enfin, un grand nombre d’ADNc seront soumis au séquencage complet.