Séquençage (Épinette)

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Nous avons produit 25 banques d'ADNc différentes et séquencé aléatoirement près de 50K clones d'épinettes et 14K de peuplier. Les séquences ont été analysés et distribuées publiquement. Une base de données de séquences a été développées et mise en place.

Consultez les objectifs de cette activité en cliquant ici.

La description des banques est présentement disponible en anglais seulement.

Banques d'ADNc d'épinette (Arborea Phase 2 - 2006-2009)

# de banque	Nom	Séquences de qualité *		Data release
# de banque	Nom	Nbre	Long. moy.	Data release
GQ028	Cambium / phloem scrappings (Normalized library)	11227	727	June 2006
GQ029	Xylem scrapings - AT NITE	5623	730	June 2006
GQ030	Xylem planings - daytime and seasonal	In progress		June 2006
GQ031	Xylem Scrapings (Normalized library)			June 2006
GQ032	Shoot tip (Normalized library)			June 2006
GQ033	Terminal leader (Normalized library)			June 2006

Description complète des banques d'ADNc d'épinette

Banques d'ADNc d'épinette (Arborea Phase I - 2002-2006)

# de banque	Nom (anglais)	Séquences de qualité *		Data release
# de banque	Nom (anglais)	Nbre	Long. moy.	Data release
GQ001	Male strobili developmental sequence	2589	527	January 2004
GQ002	Female cones developmental sequence	2324	500	January 2004
GQ003	Vegetative buds developmental sequence	1062	560	January 2004
GQ004	Non-lignified secondary xylem from mature trees	7735	600	January 2004
GQ006	Cambium and phloem from mature tree	6705	635	January 2004
GQ007	Secondary xylem of girdled saplings	1053	556	January 2004
GQ008	Cambium, phloem and bark of girdled saplings	937	577	January 2004
GQ013	Elongating ROOTS tips - saplings	1053	395	October 2004
GQ016	Primary, sec. SHOOT - N fertil. Treatments	3031	736	October 2004
GQ017	Immature somatic EMBRYOS	2220	692	October 2004
GQ018	Clean ROOTS systems - N treatments	858	659	October 2004
GQ019	Clean ROOTS systems - P treatments	3776	705	October 2004
GQ020	Clean ROOTS systems - Diurnal cycle	8601	757	October 2004
GQ022	ROOT XYLEM - mature trees	1532	598	October 2004
GQ025	Annual flush SHOOTS diurnal cycle - trees	5164	658	October 2004
GQ026	NEEDLES - N fertilization treatments	461	686	October 2004
GQ027	Mature Somatic EMBRYOS	281	490	October 2004
	TOTAL QUALITY READS - SPRUCE	49102

* Les séquences de qualité contiennent 100 nucléotides ou plus, de qualité Phred 20 avec que le vecteur ait été enlevé.

Description complète des banques d'ADNc d'épinette

Résultat de séquençage (Épinette)

Un total de 57 193 séquences d'EST avec un minimum de 100 paires de bases et rencontrant un standard de qualité de phred 20 ou plus ont été obtenues à partir des banques GQ001, GQ002, GQ003, GQ004, GQ006, GQ007, GQ008, GQ013, GQ016 to GQ020, GQ022, GQ025, GQ026, GQ027.

Les séquences, assemblages et rapports blast peuvent être consultés sur Biodata, site rendu disponible au Center for Computational Genomics and Bioinformatics :

http://biodata.ccgb.umn.edu/spruce

Commande de clones d'ADNc

Vous pouvez commander des clones d'ADNc du projet.

Les demandes sont sans frais ou sur une base de recouvrement des coûts. Le coût varie selon le volume de la demande, selon le statut de l'institution (à but lucratif ou sans but lucratif) de même que selon le pays (Canada ou hors-Canada).

Pour plus d'information, cliquez ici : Commander des clones d'ADNc