Jeffrey Dean

Chercheur scientifique
The University of Georgia
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ATHENS, GA
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Intérêts de recherche

Les recherches dans mon laboratoire portent actuellement sur quatre domaines généraux.

Génomique du pin. Nous nous intéressons à utiliser des approches d'établissement de profils d'expression afin de comprendre le développement du pin et sa réponse à l'environnement. Nous avons mené un effort collaboratif afin de catalogier et rendre publiquement disponible l'information de séquence d'ADN pour près de 175,000 ESTs du pin blanc (Pinus taeda). Ces séquences sont utilisées pour produire des microarrays d'ADNc utiles pour des études d'expression de gène de conifère.

Oxydases multi-cuivres (Laccases) chez Arabidopsis. Un grand effort dans mon laboratoire vise à identifier la (les) fonction(s) physiologique(s) chez les plantes pour tous les membres de la famille génique codant un groupe de phénoloxydases cuivre-dépendantes communément connues comme laccases. Ce travail est centré sur l'inactivation systématique de chacun des 17 gènes d'oxydase multi-cuivre type laccase (LMCO) chez Arabidopsis thaliana, puis la caractérisation de la base pour les phénotypes résultants.

Phytoremédiation. Les plantes ont un grand potentiel en tant qu'agents actifs pour le nettoyage de sites environnementaux contaminés par des déchets organiques et des métaux lourds. Nous utilisons les techniques de génomique fonctionnelle pour étudier les changements dans l'expression génique qui se produisent lorsque les plantes font face à ces composés dans leur environnement.

Restauration de l'écosystème du pin des marais. Nous travaillons avec plusieurs organisations intéressées à restaurer l'habitat du pin des marais (Pinus palustris) dans le Sud-Est des États Unis. Notre rôle sera de développer des outils génétiques et des marqueurs moléculaires qui pourront servir à analyser et surveiller la diversité génétique dans des populations de plantes et animaux endémiques à cet écosystème unique.

Publications

Merkle, S.A. and Dean, J.F.D. (2000). Forest tree biotechnology. Curr. Op. Biotech. 11: 298-302
Dean, J.F.D. (2001) Synthesis of lignin in transgenic and mutant plants. In: Biopolymers, Vol. 1, Lignin, Humic Substances and Coal" (M. Hofrichter and A. Steinbüchel, Eds.) Wiley-VCH Verlag, Weinheim, DE, pp. 65-88.
Hoopes, J.T. and Dean, J.F.D. (2001). Zymogram staining of peroxidases and laccases with 1,8-diaminonaphthalene. Anal. Biochem. 293: 96-101
Kim, C.H., Lorenz, W.W., Hoopes, J.T. and Dean, J.F.D. (2001). Oxidation of phenolate siderophores by the multicopper oxidase encoded by the Escherichia coli yacK gene. J. Bacteriol. 183: 4866-4875
Lorenz, W.W. and Dean, J.F.D. (2001). Transcriptome profiling to identify genetic determinants of the juvenile to mature wood transition. Proc. 26th Biennial Southern Forest Tree Improvement Conference, June 26-29, 2001, Athens, GA, pp. 175-181
Lorenz, W.W. and Dean, J.F.D. (2002). SAGE profiling and demonstration of differential gene expression along the axial developmental gradient of lignifying xylem in loblolly pine (Pinus taeda). Tree Physiol. 22: 301-310
Ekman, D.R., Lorenz, W.W., Przybyla, A.E., Wolfe, N.L., and Dean, J.F.D. (2003). Transcriptome responses in Arabidopsis thaliana roots exposed to TNT. Plant Physiol. 133: 1397-1406
Hoopes, J.T., and Dean, J.F.D. (2004). Ferroxidase activity in a plant multicopper oxidase. Plant Physiol. Biochem. 42: 27-33
Dean, J.F.D. and Lorenz, W.W. (2004) Transcriptional profiling in plants using serial analysis of gene expression (SAGE). AgBiotechNet 6: 1-7
Lorenz, W.W. and Dean, J.F.D. (2005) Studies of plant gene expression using SAGE. In: SAGE Technologies: Current Innovations and Future Trends, (S.M. Wang, Ed.) Horizon Scientific Press, Norwich, England, pp. 189-206.
McCaig, B.M., Meagher, R.B. and Dean, J.F.D. (2005). Gene structure and molecular analysis of the laccase-type multicopper oxidase gene family in Arabidopsis thaliana. Planta 221:619-636
Ekman, D.R., Wolfe, N.L., and Dean, J.F.D. (2005) Gene expression changes in Arabidopsis thaliana seedling roots exposed to the munition hexhydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine. Environ. Sci. Technol. 39: 6313-6320
Lorenz, W.W., Sun, F, Liang, C., Zhao, X., Kolychev, D., Wang, H., Cordonnier-Pratt, M-M. , Pratt, L.H. and Dean, J.F.D. (2006) Water stress-responsive genes in loblolly pine (Pinus taeda L.) roots identified by analyses of expressed sequence tag libraries. Tree Physiol. 26:1-16
Dean, J.F.D. (2006). Genomics resources for conifers. In: Landscapes, Genomics and Transgenic Conifer Forests, (C. Williams, Ed.) Kluwer-Springer Press, Dordrecht, Netherlands, pp. 55-74